关于印第安人水晶头骨的来源以及其具体的奥妙，科学家们至今没有得出结论。曾经有一位来自遥远的玛雅文明的老人，声称印第安人的水晶头骨至少已经有超过十万年的历史，并且水晶头骨最初是为了纪念玛雅文明时期一位功成名就的祭司而制作的。这一说法与印第安人水晶头骨的特征最为贴切，而考古学家们却并不认可这种说法，认为头骨还有更深的秘密。
一、水晶头骨制作难度极高
科学家以及考古学家们之所以对印第安人水晶头骨的历史予以否认，是因为水晶头骨的制作难度非常高。即使是在科技发达的现代制作出这样一颗水晶头骨，也需要耗费极大的财力物力，若是由玛雅人制造的水晶头骨，其必定是使用了远远超过现代科技的某种工具，而这便与历史相悖。
玛雅文明是由于侵略者的入侵才彻底被毁灭的，若是早在很久之前玛雅文明就已经拥有了极为先进的科技水平，又如何能够被人轻易侵略呢？科学家们在对水晶头骨进行研究后，发现其确实是由水晶打造的，而众所周知，水晶的硬度极高，由一般的铜或铁制成的工具都无法轻易对其进行加工。
若数千年前的玛雅人要成功制作出水晶头骨则只能通过沙子和水慢慢进行打磨，即使制作者一天24个小时都不停的打磨，也需要花上300年的时间还能制作好一颗水晶头骨。这一推论的问世，使得水晶头骨在人们眼中更加神秘。
二、与水晶头骨有关的传说
实际上与水晶头骨有关的传说并不在少数，传说指出了水晶头骨的重要作用。据说水晶头骨的秘密就在于其内部有关于人类真正的起源以及世界末日的资料，一旦拥有了这份资料，人们便能够理解生命从何而来以及宇宙与生命的真正关系。按照现代科学的角度来分析这种观点，其说法显然是不成立的。
科学家们认为，若是真的有关于生命起源的解释资料，那一定是一种类似于硬盘的形态，而这种形态是不可能历经数千年而不被损毁的。另一方面，科学家们也相信现代文明的先进性，其认为现代科学解释不了的东西，过去的旧文明是不可能能够解释清楚的。
