但是到了21世纪,人们看到木星大红斑的面积在缩小。在2004年初,它的纵向长度大约是一个世纪前的一半,当时它达到了4万公里,大约是地球直径的三倍。按照现在的衰变速度,到2040年可能会从椭圆形变成圆形或者环形。目前没有人清楚地知道这种衰减会持续多久,这种变化是否是正常波动的结果。2019年天文学家发现木星大红斑边缘开始“剥落”,风暴碎片脱落消散。
这种萎缩和“剥落”加剧了一些天文学家的担忧,即大红斑可能会在20年内消失。然而其他天文学家认为,大红斑的表面大小反映了它的云覆盖范围,而不是巨大的底部漩涡的实际大小。他们还认为,“剥离”事件可以通过与其他气旋或反气旋的相互作用来解释,包括较小系统的不完全吸收。如果是这样,意味着大红斑在未来几十年内没有消散的危险。
人类从1665年知道它的存在,至今已有350多年。科学家认为,与木星上的其他地方相比,这个地方的氨基云顶部受到更多来自太阳的紫外线辐射。它燃烧或光解后与乙炔反应生成红色物质,即使是进入圆圈的新云也会变成红色。这可能意味着这个斑点在云层下面有什么东西,也许是大红斑保持旋转的某种动力源,也许是不断喷发氨和甲烷的火山,也可能是一个通向星球更深处的大洞。因为它厚厚的红色云层,没有人知道下面是什么。